醫(yī)院始建于1976年，前身為溫州醫(yī)學院白求恩門診部，1982年成立溫州醫(yī)學院附屬第二醫(yī)院。1988年兼掛溫州醫(yī)學院附屬兒童醫(yī)院牌子。1991年在臺胞何朝育先生捐助下，新建兒童醫(yī)院大樓，同時將兒童醫(yī)院更名為溫州醫(yī)學院附屬育英兒童醫(yī)院。2004年增掛浙江省立育英醫(yī)院。2005年兼并溫州心血管病醫(yī)院。2009年4月設立“附二醫(yī)骨科醫(yī)院”和“附二醫(yī)婦產醫(yī)院”兩個院中院。目前設鹿城院區(qū)（學院路部、南浦部）、龍灣院區(qū)（總部，含實驗中心、康復中心）、甌江口院區(qū)等多院區(qū)。其中，17萬平方米的龍灣院區(qū)、16萬平方米的甌江口院區(qū)將在1-2年內陸續(xù)開業(yè)。

醫(yī)院現(xiàn)設學科（系）14個，科室（教研室）89個，亞專科186個，?？崎T診130多個，實際開放床位2667張?，F(xiàn)有職工4637人，其中，高級職稱615人，碩士1096人，博士200人，研究生導師180人。享受政府特殊津貼4人；國家“萬人計劃”1人；國家“千人計劃”3人；浙江省“千人計劃”10人；浙江省萬人計劃中青年創(chuàng)新領軍人才1人；浙江省高層次創(chuàng)新人才5人；浙江省“151人才工程”34人；浙江省醫(yī)壇新秀7人；浙江省錢江人才計劃項目7人；全國名中醫(yī)1人，浙江省名中醫(yī)4人。

現(xiàn)擁有1個國家臨床重點?？?、1個國家中醫(yī)藥管理局重點建設專科；省重中之重臨床醫(yī)學一級學科4個專業(yè)方向、2個省高等學校重點扶植學科和重點專科、1個省高校創(chuàng)新團隊、12個省醫(yī)學重點學科、8個省中醫(yī)藥重點學科和專科；2個省重點實驗室、5個市重點實驗室；5個市重點科技創(chuàng)新團隊；19個校級研究院所。獲國家科技進步獎二等獎1項。在2018中國醫(yī)院科技量值排名中，我院及18個學科進百強，其中，兒科學位列16名，變態(tài)反應學、整形外科學位列22名，骨外科學位列26名。

作為溫州醫(yī)科大學第二臨床學院，擁有4個一級學科博士點、12個一級學科碩士點，是溫州醫(yī)科大學本科和碩士臨床醫(yī)學專業(yè)來華留學生實習基地，形成了本科、碩士、博士、博士后、畢業(yè)后教育、留學生教育全方位、多層次的人才培養(yǎng)體系。特別是在住院醫(yī)師規(guī)范化培訓方面，目前擁有住院醫(yī)師規(guī)范化培訓專業(yè)基地21個，形成了以“分層漸進、螺旋上升、頂崗負責、強化督導”為特點的“溫醫(yī)二院住培模式”，在國內推廣運用。麻醉學科在省內最先試行住院醫(yī)師規(guī)范化培訓與專業(yè)學位研究生并軌培養(yǎng)、四證合一培養(yǎng)模式，為全省鋪開此項工作提供必要的經驗。兒科、麻醉科成為溫州醫(yī)科大學規(guī)培示范專業(yè)基地。