醫(yī)院始建于1935年5月福州成立的福建省立福州產(chǎn)育院，1938年抗日戰(zhàn)爭(zhēng)時(shí)期遷到沙縣西門(mén)，建立臨時(shí)診所先后稱(chēng)福建省立高級(jí)助產(chǎn)職業(yè)學(xué)校附屬醫(yī)院、福建省立產(chǎn)院。1945年抗戰(zhàn)勝利后回遷福州市烏山路先后改稱(chēng)福建省婦嬰保健院、福州市平民產(chǎn)院。新中國(guó)建立后1951年3月成立福建省婦幼保健院。在“文化大革命”期間從專(zhuān)科性婦幼保健院轉(zhuǎn)為綜合性醫(yī)院，1970年4月從省屬下放福州市稱(chēng)福州市第三醫(yī)院，1973年3月收回歸省屬改為福建省婦幼保健院。1979年省婦幼衛(wèi)生計(jì)劃生育工作隊(duì)改組為福建省婦幼保健指導(dǎo)所，掛靠省婦幼保健院。1991年3月福建省婦幼保健指導(dǎo)所并入醫(yī)院設(shè)立保健部。1996年通過(guò)衛(wèi)生部評(píng)審成為全國(guó)首家三級(jí)甲等婦幼保健院，2003年經(jīng)福建省衛(wèi)生廳批準(zhǔn)增加“福建省婦兒醫(yī)院”第二稱(chēng)謂。

福建省婦幼保健院遵循“以保健為中心、以保障生殖健康為目的、實(shí)行保健與臨床相結(jié)合、面向群體、面向基層和預(yù)防為主”的工作方針，擔(dān)負(fù)全省婦女兒童保健技術(shù)業(yè)務(wù)指導(dǎo)和婦女兒童常見(jiàn)病、多發(fā)病及疑難病癥的診治、教學(xué)、科研工作。

保健部下設(shè)4個(gè)業(yè)務(wù)科室和17個(gè)二級(jí)業(yè)務(wù)門(mén)診，以福建省婦女、兒童發(fā)展綱要為指導(dǎo)，作為全省婦幼保健業(yè)務(wù)指導(dǎo)中心，通過(guò)婦幼保健項(xiàng)目的實(shí)施，加強(qiáng)保健工作，規(guī)范產(chǎn)、兒科技術(shù)，開(kāi)展基層?jì)D幼衛(wèi)生技術(shù)指導(dǎo)，降低孕產(chǎn)婦死亡率和嬰兒死亡率，為廣大婦女兒童提供優(yōu)質(zhì)的醫(yī)療保健服務(wù)。

八個(gè)福建省省級(jí)中心掛靠醫(yī)院開(kāi)展工作。福建省新生兒疾病篩查中心、福建省新生兒救護(hù)中心依托全省建立的新生兒疾病篩查和救護(hù)體系，負(fù)責(zé)全省范圍新生兒疾病防治和救護(hù)工作；福建省宮頸疾病診治保健中心開(kāi)展子宮頸癌的預(yù)防及癌前病變規(guī)范化診斷與治療工作，為國(guó)家衛(wèi)生部十年百項(xiàng)PCC項(xiàng)目示范基地。福建省兒童救護(hù)中心負(fù)責(zé)全省兒科診療技術(shù)培訓(xùn)及全省兒科危重癥的救護(hù)工作。福建省生殖健康中心于2003年通過(guò)國(guó)家衛(wèi)生部專(zhuān)家組評(píng)審，成為省內(nèi)首家獲準(zhǔn)開(kāi)展輔助生殖技術(shù)的醫(yī)療機(jī)構(gòu)，開(kāi)展輔助生殖健康領(lǐng)域的臨床、科研、培訓(xùn)工作，1999年1月5日我省首例雙胞胎試管嬰兒誕生，填補(bǔ)省內(nèi)生殖醫(yī)學(xué)空白；福建省產(chǎn)前診斷中心于2009年5月通過(guò)衛(wèi)生部專(zhuān)家組評(píng)審，開(kāi)展胎兒先天性缺陷和遺傳性疾病診斷及相應(yīng)的篩查工作，遺傳疾病、優(yōu)生優(yōu)育的方面研究處于省內(nèi)領(lǐng)先水平；福建省兒童保健示范中心建設(shè)項(xiàng)目于2013年8月正式啟動(dòng)，開(kāi)展全省兒童保健服務(wù)技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)化、規(guī)范化工作。福建省婦女保健示范中心于2016年12月通過(guò)驗(yàn)收，開(kāi)展婦女全生命周期保健工作，探索我省婦女保健服務(wù)模式創(chuàng)新和水平提升。在福建省衛(wèi)生計(jì)生委高水平臨床醫(yī)學(xué)中心建設(shè)規(guī)劃中，醫(yī)院負(fù)責(zé)承建福建省兒童醫(yī)學(xué)中心和福建省生殖醫(yī)學(xué)中心。

福建省醫(yī)學(xué)會(huì)婦產(chǎn)科學(xué)分會(huì)、兒科學(xué)分會(huì)、圍產(chǎn)醫(yī)學(xué)分會(huì)、計(jì)劃生育學(xué)分會(huì)、生殖醫(yī)學(xué)分會(huì)、福建省預(yù)防醫(yī)學(xué)會(huì)婦幼保健專(zhuān)業(yè)委員會(huì)、福建省預(yù)防醫(yī)學(xué)會(huì)出生缺陷與控制委員會(huì)、福建省優(yōu)生優(yōu)育與婦幼保健協(xié)會(huì)兒童早期發(fā)展專(zhuān)業(yè)委員會(huì)、福建省護(hù)理學(xué)會(huì)婦產(chǎn)科專(zhuān)業(yè)委員會(huì)、福建省護(hù)理學(xué)會(huì)婦產(chǎn)科專(zhuān)業(yè)委員會(huì)、福建省衛(wèi)生信息協(xié)會(huì)信息技術(shù)分會(huì)掛靠醫(yī)院開(kāi)展工作。醫(yī)院是福建醫(yī)科大學(xué)非直屬附屬醫(yī)院，承擔(dān)福建醫(yī)科大學(xué)、福建中醫(yī)藥大學(xué)、莆田學(xué)院、福建衛(wèi)生職業(yè)技術(shù)學(xué)院、漳州衛(wèi)生職業(yè)技術(shù)學(xué)院等醫(yī)學(xué)院校的專(zhuān)業(yè)理論教學(xué)和見(jiàn)、實(shí)習(xí)任務(wù)，同時(shí)承擔(dān)基層?jì)D幼保健人員的進(jìn)修培養(yǎng)工作。醫(yī)院設(shè)有6個(gè)碩士點(diǎn)，1個(gè)博士點(diǎn)，承擔(dān)國(guó)內(nèi)外研究生的培養(yǎng)和實(shí)習(xí)任務(wù)。近五年我院在科研課題、成果中也不斷取得突破，全院共獲得院外立項(xiàng)課題101項(xiàng)。其中國(guó)家級(jí)5項(xiàng)，省部級(jí)項(xiàng)目41項(xiàng)，廳市級(jí)項(xiàng)目55項(xiàng)，共獲資助經(jīng)費(fèi)1772.721萬(wàn)元。獲得科技獎(jiǎng)24項(xiàng)，其中省部級(jí)10項(xiàng)，廳市級(jí)14項(xiàng)。

醫(yī)院以誠(chéng)信、奉獻(xiàn)、求實(shí)、創(chuàng)新的精神開(kāi)拓進(jìn)取，曾先后獲得“全國(guó)創(chuàng)建文明行業(yè)工作先進(jìn)單位”“全國(guó)衛(wèi)生系統(tǒng)先進(jìn)集體”“全國(guó)婦幼衛(wèi)生工作先進(jìn)單位”“全國(guó)衛(wèi)生文化建設(shè)先進(jìn)單位”“全國(guó)計(jì)劃生育科學(xué)技術(shù)先進(jìn)集體”“全國(guó)模范職工之家”“全國(guó)女職工組織先進(jìn)集體”“全國(guó)維護(hù)婦女兒童權(quán)益先進(jìn)集體”等國(guó)家級(jí)和省部級(jí)榮譽(yù)稱(chēng)號(hào)，同時(shí)被省委、省政府授予“創(chuàng)文明單位建滿(mǎn)意窗口先進(jìn)單位”“福建省三八紅旗集體”“福建省五一勞動(dòng)獎(jiǎng)狀”等多項(xiàng)榮譽(yù)稱(chēng)號(hào)。