福建醫(yī)科大學(xué)附屬第二醫(yī)院始建于1881年，原名“惠世醫(yī)院”，為英國教會醫(yī)院。1973年隸屬福建醫(yī)科大學(xué)成為附屬第二醫(yī)院。醫(yī)院是福建省首批通過衛(wèi)生部評審的四家三級甲等綜合醫(yī)院之一，是我省主要的醫(yī)療、教學(xué)、科研、畢業(yè)后教育基地之一，是博士、碩士研究生學(xué)位授權(quán)點單位，是福建省南部區(qū)域醫(yī)療中心領(lǐng)銜醫(yī)院、福建省呼吸醫(yī)學(xué)中心建設(shè)依托醫(yī)院。

醫(yī)院設(shè)鯉城和東海兩個院區(qū)，鯉城院區(qū)占地24.57畝，東海院區(qū)占地322.6畝；醫(yī)院編制床位2000張，年門急診量150萬人次，住院量近8萬人次，現(xiàn)有員工2700多人，其中高級職務(wù)人員344人，博、碩士637人,博士生導(dǎo)師13人，碩士生導(dǎo)師105人，教授、副教授129人。在國際學(xué)會任理事、委員等學(xué)術(shù)任職2人，國家級學(xué)（協(xié)）會委員以上學(xué)術(shù)任職90人次、省級學(xué)（協(xié)）會副主任委員以上學(xué)術(shù)任職43人次。

醫(yī)院歷來以外科技術(shù)精湛著稱，上世紀(jì)四、五十年代率先在泉州地區(qū)開展大、中型外科手術(shù)，并為泉州地區(qū)培養(yǎng)了大批醫(yī)學(xué)骨干力量。近年來，醫(yī)院在各方面取得長足發(fā)展，學(xué)科發(fā)展水平整體處于省內(nèi)先進；免疫學(xué)和變態(tài)反應(yīng)專業(yè)、皮膚病專業(yè)、超聲診斷專業(yè)、腫瘤科（中西醫(yī)結(jié)合）等?？票涣腥胧〖壟R床重點?？疲唤槿牒粑W(xué)、低視力康復(fù)、產(chǎn)前超聲醫(yī)學(xué)等亞專科躍入國內(nèi)先進；呼吸與危重癥醫(yī)學(xué)科、免疫風(fēng)濕科、超聲醫(yī)學(xué)科、眼科、皮膚醫(yī)學(xué)美容、中西醫(yī)結(jié)合腫瘤科、生殖醫(yī)學(xué)等多個?？苹騺唽？铺幱谑?nèi)領(lǐng)先水平。胃腸外科、甲乳外科、骨質(zhì)疏松、脊柱外科、關(guān)節(jié)外科、肝膽胰外科、重癥醫(yī)學(xué)科、泌尿外科、婦產(chǎn)科、內(nèi)分泌與代謝病科、心血管內(nèi)科、神經(jīng)內(nèi)科、血液內(nèi)科、腎臟內(nèi)科、消化內(nèi)科、腫瘤化療科、放射治療科等專科或亞?？铺幱谑?nèi)先進水平。

醫(yī)院獲頒國家人力資源和社會保障部博士后科研工作站，是國家藥物臨床試驗機構(gòu)，與美國Salus大學(xué)合作成立國際聯(lián)合低視力康復(fù)教育中心，入選全國首批專科醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)基地、中國醫(yī)師協(xié)會呼吸內(nèi)鏡醫(yī)師培訓(xùn)基地、國家呼吸臨床研究中心核心成員單位、PCCM?？漆t(yī)師規(guī)范化進修基地，獲全國首批PCCM科規(guī)范化建設(shè)三級醫(yī)院優(yōu)秀單位，與長庚科技大學(xué)聯(lián)合建立呼吸治療培訓(xùn)基地,承擔(dān)“省域重大疾病診療能力提升項目（肺癌綜合診療）”；是福建醫(yī)學(xué)會變態(tài)反應(yīng)學(xué)分會、福建超聲醫(yī)學(xué)工程學(xué)會、海峽兩岸醫(yī)藥衛(wèi)生交流協(xié)會海西介入呼吸病學(xué)專業(yè)委員會、中國殘疾人康復(fù)協(xié)會康復(fù)工程與輔助技術(shù)專業(yè)委員會視障輔助技術(shù)專業(yè)學(xué)組、中國輔助技術(shù)研究所視障輔助技術(shù)研究中心、福建省低視力康復(fù)指導(dǎo)組、福建省視障康復(fù)技術(shù)指導(dǎo)中心、福建醫(yī)科大學(xué)肝膽胰疾病數(shù)字化技術(shù)臨床應(yīng)用中心掛靠單位；獲國家級皮膚醫(yī)療美容示范基地、國家心血管疾病診療質(zhì)量監(jiān)測基地、國家心肺預(yù)防與康復(fù)協(xié)作網(wǎng)示范中心、中國心衰中心認(rèn)證單位、全國臨床藥師培訓(xùn)基地、國家衛(wèi)生計生委腦卒中篩查與防治基地、中國卒中學(xué)會綜合卒中中心、國家衛(wèi)計委腦防委高級卒中中心、中國胸痛中心認(rèn)證成員單位、中國肺癌聯(lián)盟肺結(jié)節(jié)診治分中心、國家標(biāo)準(zhǔn)化代謝性疾病管理中心（MMC）、中國糖網(wǎng)篩防中心、骨質(zhì)疏松癥防治合作基地、國家痛風(fēng)規(guī)范診治中心、骨科機器人遠程手術(shù)中心創(chuàng)建單位、全國靜脈血栓防治中心優(yōu)秀單位、全國出生缺陷防治人才培訓(xùn)項目培訓(xùn)協(xié)同單位、國家藥品不良反應(yīng)中心哨點醫(yī)院、中華醫(yī)學(xué)會骨密度測量質(zhì)量控制合格認(rèn)證單位等，人類生殖輔助技術(shù)IVF通過國家資質(zhì)評審，是中國婦幼保健協(xié)會“母嬰友好醫(yī)院”、福建省產(chǎn)前診斷中心、福建省危重癥孕產(chǎn)婦轉(zhuǎn)診救治網(wǎng)絡(luò)醫(yī)院、泉州市疑難急危重癥和孕產(chǎn)婦搶救中心。

醫(yī)院作為福建醫(yī)科大學(xué)第二臨床醫(yī)學(xué)院、國家級住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)基地和省級醫(yī)學(xué)繼續(xù)教育基地之一，設(shè)有13個專業(yè)國家級住培基地、1個國家級專培基地、25個醫(yī)學(xué)教研室。醫(yī)院倡導(dǎo)“創(chuàng)新、求實、嚴(yán)謹(jǐn)、規(guī)范”實驗室室訓(xùn)，依托睡眠醫(yī)學(xué)省高校重點實驗室、視障輔助技術(shù)福建省高校工程研究中心、自身免疫病研究室、介入超聲研究室、肝膽研究二室、耳鼻喉研究室、手外科研究室、糖尿病研究室、腎病研究室、骨科生物力學(xué)研究室、睡眠呼吸研究室、肝膽胰疾病數(shù)字化技術(shù)臨床應(yīng)用中心等12個研究室和中心實驗室，大力開展醫(yī)學(xué)科學(xué)研究。

醫(yī)院高度重視與國內(nèi)外的學(xué)術(shù)交流，與美國紐約大學(xué)、日本山梨醫(yī)科大學(xué)、日本鹿兒島大學(xué)、荷蘭自由大學(xué)、臺灣長庚科技大學(xué)、英國皇家國立骨科醫(yī)院、美國加州大學(xué)、新西蘭奧塔哥大學(xué)、美國希望之城醫(yī)院、美國紐約西奈山呼研所、意大利米蘭大學(xué)等機構(gòu)及學(xué)者建立了合作關(guān)系，聘任數(shù)十名國內(nèi)外專家作為醫(yī)院客座教授、特聘教授、高級專家。

醫(yī)院獲全國醫(yī)院文化建設(shè)先進單位、福建省文明單位、福建省平安醫(yī)院等榮譽。