醫(yī)院現(xiàn)有2個院區(qū)（渝中院區(qū)和江南院區(qū)），編制床位2580張，最大開放床位可到3500余張。年門診量137.2萬余人次，收治住院病人7.6萬余人次。

渝中院區(qū)位于重慶市渝中區(qū)臨江路74號，坐落于重慶CBD中心——解放碑，占地 14.5畝。為“寬仁醫(yī)院”原址，發(fā)展至今已有126年。

江南院區(qū)位于重慶市南岸區(qū)天文大道288號（茶園新區(qū)），總建筑面積25萬方，投資達十四億。共有醫(yī)療綜合樓、感染與肝病中心、科教樓、全科醫(yī)生樓等4棟大樓。江南院區(qū)將解決渝東南、渝東北群眾就醫(yī)困難的問題，改變重慶醫(yī)療資源分配不均的現(xiàn)狀，帶動整個重慶西部的發(fā)展。

重慶醫(yī)科大學附屬第二醫(yī)院專業(yè)設置齊全，有43個臨床和醫(yī)技科室。內科學（傳染病）和神經病學為國家級重點學科，心血管內科、呼吸內科、腎病科(現(xiàn)更名為腎內科)、醫(yī)學影像科（含放射科、超聲科、核醫(yī)學科）、感染病科為國家臨床重點專科，婦產科、檢驗科、普外科（含肝膽外科、胃腸肛腸外科、血管疝腹壁外科、乳腺甲狀腺外科）、老年科（現(xiàn)更名為老年病科）、消化內科、眼科為重慶市臨床重點專科，中醫(yī)康復科為國家中醫(yī)藥管理局“十二五”重點?？?，中醫(yī)脾胃病科為重慶市“十二五”中醫(yī)重點專科。臨床醫(yī)學一級學科為省級重點學科，其覆蓋的17個二級學科全部是省級重點學科；醫(yī)學影像學、康復醫(yī)學與理療學、內科學（傳染病學）和婦產科學為重慶市醫(yī)學重點學科。有13個重慶市臨床診療研究中心，10個重慶市醫(yī)療質量控制中心。

醫(yī)院擁有一大批學術技術造詣高、臨床經驗豐富的知名專家。有百千萬人才工程國家級人才6人；享受國務院政府特殊津貼專家共29人；教育部“長江學者創(chuàng)新團隊與發(fā)展計劃”團隊帶頭人2名；教育部跨世紀優(yōu)秀人才2名，優(yōu)秀人才支撐計劃2名；全國“五一”勞動獎章獲得者2名；全國“三八”紅旗手1名；國家人事部及衛(wèi)生部有突出貢獻的中青年專家2名。重慶市第二屆學術技術帶頭人18人、后備人選11人；重慶市“322重點人才工程”一層次人選2人，二層次人員5人；重慶市名中醫(yī)1人；重慶市巴渝學者特聘教授3人。重慶市有突出貢獻的中青年專家2人，振興重慶爭光貢獻獎1人，中華醫(yī)學會專科分會副主任委員3人，青年副主任委員3人。醫(yī)院有一級學科博士學位授權點3個、碩士學位授權點5個；二級學科博士學位授權點20個、碩士學位授權點22個，是國家級住院醫(yī)師規(guī)范化培訓基地。博士生導師45名（在職）、碩士生導師220名（在職），設有臨床醫(yī)學博士后流動站，現(xiàn)有在院培養(yǎng)碩博研究生1000余名，住培學員300余名。

有感染性疾病分子生物學教育部重點實驗室、超聲分子影像重慶市重點實驗室和重慶市生殖發(fā)育與干細胞治療工程技術研究中心3家省部級研究平臺，有重慶市感染病學和老年醫(yī)學2家區(qū)域醫(yī)學臨床研究中心，是國家藥物臨床和醫(yī)療器械臨床試驗機構，下設14個專業(yè)組，是國家干細胞臨床研究機構。近年來，年均獲得各級各類縱向科研項目超過百項，其中國家自然科學基金項目超過30項/年，年均發(fā)表SCI論文近200篇，年年斬獲重慶市科學技術二等以上科技獎勵。2015年我院“超聲分子顯像與治療基礎研究”研究成果獲得重慶市科學技術獎自然科學系列一等獎，2016年同年獲得3項國家自然科學基金重點項目，2017年我院牽頭的國家重大科技專項“乙型肝炎治愈的新策略新方法”課題獲批立項，中央財政經費5805.56萬元。2018年我院牽頭的國家重點研發(fā)計劃數字診療裝備研發(fā)重點專項正式立項，中央財政經費資助1932萬元。醫(yī)院還主辦有《Journal of Clinical and Translational Hepatology》、《中華肝臟病雜志》和《臨床超聲醫(yī)學雜志》雜志。

作為中國西部歷史最悠久的醫(yī)院之一，重醫(yī)附二院將遵循習近平總書記“以人民為中心，以健康為根本”的健康觀，恪守“克寬克仁、惟精惟一”的醫(yī)院精神，“關懷、專注、創(chuàng)新”的醫(yī)院理念，為全市和周邊省市居民提供優(yōu)質醫(yī)療衛(wèi)生服務，開展醫(yī)學研究，培養(yǎng)醫(yī)學人才。全力將渝中院區(qū)打造成為高水平、創(chuàng)新型、特色化的重慶CBD標志性城市醫(yī)院，江南院區(qū)打造成高水準、生態(tài)型、國際化醫(yī)院，努力向國內一流醫(yī)院的目標邁進！